Der Ort Hennstedt entstand voraussichtlich mit der Einwanderung der Sachsen in den holsteinischen Raum ab dem 5. Jahrhundert. Die Kirche geht mit ihren ältesten Teilen auf das Jahr 1190 zurück und sie wurde dem hl. Secundus geweiht. Hennstedt wird unter seinen damaligen Namen Hanstede („Zur hohen Stätte“) im Jahre 1281 in einem Vertrag der Dithmarscher Kirchengemeinden mit Hamburg urkundlich erwähnt.
Die Reformation und die Lehre Luthers fand Anfang des 16. Jahrhunderts in Hennstedt Eingang. Im Zeitraum von der Reformation bis zum 30-jährigen Krieg war für Hennstedt sowie für Dithmarschen eine Zeit des Friedens und der allgemeinen wirtschaftlichen Blüte.
Dagegen im nordischen Krieg 1713 wurde Dithmarschen durch Russen, Dänen und Sachsen besetzt. Plünderungen und hohe Abgaben waren eine außergewöhnliche Belastung für die Bevölkerung.
Im Jahr 1765 brannte ein großer Teil des Dorfes ab, dies führte zu neuen Siedlungsbereichen. Hennstedt war aber auch stets durch Überschwemmungen durch die Eider gefährdet. Im Jahr 1825 brach der Eider-Deich und viele Häuser und landwirtschaftliche Nutzflächen wurden zerstört.
In beiden Weltkriegen 1914-18 und 1939-45 wurden keine großen Schäden in Hennstedt angerichtet. Viele Flüchtlinge fanden nach dem 2. Weltkrieg eine Bleibe in Hennstedt.